新《认定办法》最重要的特点是以企业自主研发和创新能力为核心来认定高新技术企业。按照新《认定办法》的规定，高新技术企业应该是在国家重点支持的高新技术领域内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展生产经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册一年以上的居民企业。这里包括了三层含义，一是企业所从事的研究开发和生产经营活动必须符合国家重点支持的产业技术方向，属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；二是具有持续的自主研究开发能力，拥有核心自主知识产权，将成为高新技术企业的必备条件；三是企业的主营业务必须与自身的研究开发与技术成果转化活动密切相关。符合以上特征并达到相应认定指标的企业才能被认定为高新技术企业。没有开展研究开发活动，单纯从事高新技术产品生产加工的企业，不能被认定为高新技术企业。
